Der von einer Grundquelle gespeiste "Böndlsee" in Goldegg liegt in einer Mulde in einer Eiszeitmoräne auf der das linke Salzachufer oberhalb dem Fluss begleitenden Mittelgebirgsterrasse. Er ist umgeben von teilweisen feuchten Wiesen, über die mehrere kleine Gerinne zum See fließen. Dazu gehört auch ein kleinflächiger Sumpf- bzw. Moorbereich. Die besonders hohe landschaftliche und für den Erholungswert bedeutende Wirkung basiert auf der lebhaft strukturierten naturnahen Kulturlandschaft um den kleinen See.

Im nahe gelegenen kleinen Moor kommen als Besonderheiten unter anderem vor: Gewöhnlich-Blutweiderich, Moorbirke, Kriechweide, Sumpf-Blutauge, Rundblatt-Sonnentau, Torfbeere, Schnabel-Segge und diverse Torfmoosarten.

Einige Stockentenpaare bevölkern die Wasserfläche des Sees. Der Böndlsee zählt zu den wenigen Salzburger Gewässern in denen noch der Edelkrebs vorkommt.